Chime: Browser Plug-in der Rasmol entwickelt wurde. Leider funktioniert dieser nur mit einigen Browsern unter MS Windows, wie Netscape 4.7x und Explorer. Zur Verwendung mit Netscape 7/8, Mozilla und Firefox
hier klicken http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
Zum Austesten Ihrer Chime -Installation können Sie folgende Seite verwenden
protein gallery
VMD (Visual Molecular Dynamics):
VMD ist hervorragend zur Darstellung von pdb - files und Moleküldynamik Simulationen geeignet (in Verbindung mit NAMD).
Zahlreiche Darstellungsoptionen werden bereitgestellt, das Programm verwendet OpenGL.
Als Skriptsprachen sind TCL/TK und Python implementiert. Auf diesen Seiten werden Skripte bereitgestellt, die eine buttongesteuerte Präsentation ermöglichen, was die Verwendung des Programmes in Vorlesungen und Vorträgen erleichtert.
VMD wird in der Vorlesung bevorzugt verwendet. Für Windows, Unix/Linux und MacOS.
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
SPDBV (Deep view Swiss pdb viewer): Ein weiteres Programm mit ähnlichen Fähigkeiten wie VMD, allerdings ist die graphische Darstellung weniger anspruchsvoll als bei VMD. Für Windows und Linux. http://ca.expasy.org/spdbv/
Chimera:
Visualisierungs und Molekulares Modelling system, auch mit docking plug-ins. Für Windows, Linux und MacOS.
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
Pymol:
ein Newcomer, das in Python geschrieben ist. Sieht vielversprechend aus. Erstellung von einfachen Darstellungen ist leicht, aber komplexere Darstellungen erfordern mehr Arbeit als VMD. Für Windows, Unix / Linux und MacOS. http://pymol.sourceforge.net
-Programme zur Visualisierung kleiner Moleküle und der Ausgabe von Molekülrechnungen:
Diese Programme benutzen die Ausgabefiles von Molekülrechnungsprogrammen wie
Gaussian, Gamess, Mopac6, Tinker und anderen. Diese Rechnungen benötigen eine längere Rechenzeit. Daher werden die Eingabe -und Ergebnisfiles von Rechnungen zur Verfügung gestellt und können direkt im Visualisierungsprogramm verwendet werden.
Molden: sehr gutes Programm, zeigt Struktur, Orbitale, Elektronendichte etc. Die Vibrationen werden nicht nur als Animation dargestellt, sondern parallel dazu auch das Vibrationsspektrum (Raman, IR). Nur für Unix / Linux http://www.cmbi.kun.nl/~schaft/molden/molden.html
Molekel: Ähnlich Molden, zeigt Struktur, Orbitale, Elektronendichte etc.
Stellt auch Vibrationsmoden dar, aber nicht zusätzlich das Spektrum. Für Unix/Linux und Windows. http://www.cscs.ch/molekel/
gOpenMol: sehr gutes Programm, zeigt Struktur, Orbitale, Elektronendichte etc. Für Windows und Unix / Linux http://www.csc.fi/gopenmol/
Oscail / Móílín : Eine sehr schönes GUI von Prof. P. McArdle, National University of Ireland, Galway, zum Zeichnen der Molekülstruktur und anschliessendeÜbergabe der Rechenjobs an
Tinker, Mopac6, Wingamess oder Iconc. Mopac6 und Iconc (Prof. G. Calzaferri) sind bereits im Installationspaket enthalten, Tinker and Wingamess (Prof. Alex Granovsky) müssen unabhängig installiert werden. Nur für Windows http://www.nuigalway.ie/cryst/dload1.html
Gamess / Wingamess : Ab-initio freies Programm. Mehrere Versionen (Gamess-UK, Gamess-US) und zahlreiche Kompilierungen sind für Windows and Unix erhältlich. Die Version für die Vorlesung findet man hier: http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
Tinker / Force Field Explorer: Modulares Molekülmechanik Rechnungspacket mit FFE als GUI von Prof. Jay W. Ponder, Washington University, St. Louis. Für Linux, Windows und MacOS. http://dasher.wustl.edu/tinker/
FAST: FAST Alignment and Such Tool -Boston University. Kann mit einem Internetbrowser oder offline unter Linux und MacOS verwendet werden. http://biowulf.bu.edu/FAST/
Bitte beachten Sie: Chime ist nicht freeware, und die Firma MDL, Besitzer von Chime, entwickelt Chime nicht wirklich
weiter und gibt den Sourcecode nicht frei. Dies demonstriert deutlich den Nachteil von 'Gratisprogrammen', die nicht der einer offenen Lizenz, z.B. GPL unterliegen. Ich habe diese Seiten nur beibehalten, da viele Autoren noch sehr schoene Chime -basierte Seiten anbieten (mich eingeschlossen, ich habe einfach keine Zeit, die Skripte umzuschreiben). Fertigen Sie aber keine neuen Skripte mit Chime an. Es gibt jetzt viel bessere Alternativen, insbesonders JMOL. Dieses ist Java-basiert, funktioniert damit ohne Installation eines plug-in und ist plattformunabhängig ! Mehr zum Themu unter der folgenden Seite:
Molekül- Visualisierungs Resourcen -Eric Martz
